Au XVIIIème siècle, le très beau bâtiment des Consignes Sanitaires était le siège de l’Intendance sanitaire de Marseille chargée de la prévention des épidémies et de la mise en quarantaine systématique des bateaux.
C’est donc dans un contexte de grand vigilance que Marseille construit le bâtiment des Consignes sanitaires en 1719.
En 1720, malgré ces mesures, le bateau le Grand Saint-Antoine propagea la peste dans toute la ville et bientôt dans toute la Provence.
Au XIXème siècle, il fut doublé d’un second pavillon (bâtiment des douanes) construit dans le même style.
Aujourd’hui, la Direction des Ports Marseille Provence Métropole souhaite rétablir la capitainerie du Vieux-Port dans l’ancien bâtiment des douanes.